केन्द्र सरकार की महत्वाकांक्षी योजना- मिशन इन्द्रधनुष मेघालय के दूर-दराज के इलाकों में बच्चों और गर्भवती महिलाओं के जीवन में सकारात्मक बदलावला रही है। इस मिशन का उद्देश्य दो वर्ष तक के प्रत्येक बच्चे और सभी गर्भवती महिलाओंका नियमित टीकाकरण है। मिशन का लक्ष्य इस वर्ष दिसम्बर तक देश के नब्बे प्रतिशत सेअधिक गर्भवती महिलाओं और बच्चों के पूर्ण टीकाकरण को सुनिश्चित बनाना है। पूर्वोत्तर राज्यों में असम के बाद मेघालय में शिशु मृत्यु दर सबसे अधिक 47 प्रतिशत है। इस मिशनसे राज्य में सकारात्मक परिणाम मिल रहे हैं।